年2月11日，日本海军联合舰队司令部从大和号下来，转移到司令部设备更完美的武藏号，即大和级战列舰的二号舰。它保持了旧日本海军的三个记录，一是旧日本海军建造的最后一艘战列舰，二是担任联合舰队旗舰的最后一艘战列舰，三是太平洋战争期间担任联合舰队旗舰时间最久的一艘舰。
在武藏号担任联合舰队旗舰多天的任期时，约天停留在日本南太平洋前线基地特鲁克，这么长的时间，武藏号没有上前线战斗，它在干些什么？
1、武藏体操学校
只在GF司令部在特鲁克，即使一动不动，每日也要消耗一万吨重油。为了不妨碍舰队的作战行动，大和、武藏号不得不考虑节省用油，大部分时间都在进行停泊训练。有时油料情况允许，就会在环礁内行动，进行主炮射击、编队运动等。
大和号舰长松田千秋舰长曾是海军大学校教官，也有军令部勤务的经验，他将士官室士官汇集到后甲板，用兵棋演习来训练他们。如此一来，既省了油，又能进行战术研究。武藏号的有马馨舰长身材魁梧，非常热衷于体育，他的格言是强大的战斗力源于健康的体魄。在武藏号宽阔的甲板上，他经常带领全体乘员进行体操运动、刺刀术训练等等。因此，两舰也被称为特鲁克基地的大和海军大学校和武藏体操学校。
▇在甲板上比拼刺刀术的水兵。
2、武藏旅馆开业
GF司令部转移到武藏号之后，武藏号的舰内就变得繁忙起来。当然，带有军乐队演奏的豪华用餐也一起过来了。从此，武藏旅馆开业了。
说起司令部的用餐，有全套西餐和丰盛的和式晚餐，其实也并非只有司令部能享用，虽然等级不同，实际上都属于日本海军军舰范畴的乘组士官的惯例饮食，准士官也以此为标准。武藏号士官们的一日三餐由士官厨房提供。士官厨房也进行了细分，士官室厨房给分队长级别以及上的提供饭菜；第一士官次室厨房为中尉、少尉、候补生提供饭菜；第二士官次室厨房和准士官厨房分别为特务士官的中尉、少尉以及各科兵曹长提供饭菜。与司令部一样，各士官厨房都有身为军属的聘用厨师烹饪饭菜，其他厨房的烹饪工作则由主计兵负责。士官（包括准士官）与下士官兵的饮食最大的不同在于，前者以扣除工资的方式购买喜爱的食物让厨师烹饪，后者的饭菜全部由海军免费提供。
▇伊势虾是日本的高级食材，海军军官们想吃也是没问题的。
司令部的饮食如此丰盛，原因就在于伙食费的差距。例如，联合舰队司令部以最高的司令长官为首的参谋长、参谋们当时一餐支付45钱的费用。按照规定和惯例，军官的伙食没有等级之分，一律同等。然而，舰长等士官、特务士官一餐却只需支付40钱，准士官支付35钱。而且，想吃得更好还可以另外掏腰包，饮食自然就更丰富了。
3、开辟新的粮食来源
年4月，联合舰队司令长官山本五十六离开武藏前往拉包尔，在乘机飞往肖特兰岛方面前线视察的途中，遭到美军机的埋伏，与机同坠毁。
4月25日，古贺峰一大将接任联合舰队司令长官一职，登上特鲁克的武藏号。大概过了三周，武藏号带着山本长官的遗骨暂时返回日本。待古贺长官完成军令部和海军省的要务，武藏号也结束入渠修理后，再次离开日本，8月5日到达特鲁克。
▇送山本五十六司令长官遗骨回国的武藏号。
停泊在特鲁克的武藏和大和号以及其他舰艇都需要接受联合舰队附属的特务舰间宫和伊良湖号从内地直接运来的食物、被服等补给。毕竟特鲁克群岛只是南洋群岛中的小部分岛屿，这里不可能有充足的生鲜食物，也没有储存食物提供给数万名舰队将士。在这里能获得的新鲜食物只有鲣鱼。
再次回到特鲁克的武藏号等舰船开始尝试让乘员上岛开辟种植园。于是，每天都有一大批各舰的乘员上岛劳作。起初没有任何收获，但没过多久，种植的黄瓜、茄子结出喜人的硕果。因为这里是热带，植物的生长发育相当快。让乘员上岛劳作，除了获取一些新鲜蔬菜之外，也是为了让运动不足的乘员活动活动筋骨，保持身体健康，对此，乘员们也相当乐意接受，每天都开心的乘坐短艇上岸劳作。不过，海军禁止乘员采摘椰子，因为那是岛上居民重要的财产。
▇水兵们在岛上开辟了菜园，用于补充新鲜蔬菜的不足。
当然，岛上劳作所收获的蔬菜什么的根本是杯水车薪，主要还是要依靠来自内地上述两艘给粮舰。除了米、麦、肉、鱼、蔬菜等，两舰都有强大的食品再加工能力，能给将士提供面包、点心，甚至还能自制蒟蒻和豆腐，当然还有最受热带作战将士喜爱的冰激凌。
▇旧日本海军最有人气的给粮舰间宫号。
4、旅馆歇业
到了特鲁克之后，武藏号依然没有出战的机会。乘员每天从全员起床的号令开始，收拾寝具、甲板大扫除、洗脸、早饭，然后又是甲板大扫除。紧接着就是日常训练。这样的日子每天重复着。
进入年10月中旬后，特鲁克也变得不再太平，不断有美军特混部队在特鲁克方面出现的情报传来。10月17日，古贺长官率领武藏号等战舰部队、机动部队、迎击部队的决战兵力主动寻敌迎击。19日进入埃内韦塔克环礁锚地，24日在威克岛西面海面派出侦察机搜索美军，但未能有所发现。碍于重油问题，此次出击只能就此结束。在撤回特鲁克的途中，航母以武藏号战列舰部队为目标展开航空战训练，战舰群也实施主炮射击训练。
▇遭到美军轰炸的特鲁克岛环礁。
然而，中部太平洋的战况急转直下，上空乌云密布，武藏旅馆宣告歇业，年2月10日离开特鲁克返回横须贺。此后没有再来特鲁克。