二战战败后，苏联蛰伏多年，在积攒足够的实力后再次向盟军发动了突袭，引起了第三次世界大战。
但是，在盟军科学家爱因斯坦的帮助下，盟军正面战场上高歌猛进，苏联则节节败退。
为了挽回颓势，苏联人启用了时间机器，杀死了还未加入盟军的爱因斯坦。
不过，此举虽然让盟军失去了科技优势，让苏联成功反杀，但是却导致旭日帝国崛起。这个新兴帝国，同时向苏联与盟军发动了进攻，螳螂捕蝉黄雀在后，整个世界都将被旭日帝国所征服。
粉碎克林姆理宫
旭日帝国的强大超出了苏联与盟军的预料，芳郎天皇同时向两边发动了袭击，以一国之力对抗世界两极，每次战役都能轻松取胜，打得苏军与盟军溃不成军。
面对旭日帝国的威胁，苏联与盟军领导人，选择坐在谈判桌上，暂时结成同盟，联起手来对付旭日帝国。
然而，看似牢不可破的联盟，其内部却弊病重重，在尝试进攻日本横滨无果后，双方的领导人都将战败的责任，归咎于对方的不作为，再加上两边时刻都在担忧对方会在战争时背刺，最终盟苏联盟破裂，双方再次回到了各自为战的状态。
这是个好机会，双方联手帝国尚且不惧，如今两边谈判破裂，那还说啥？准备攻坚吧。
话虽如此，但是旭日帝国的将军、如今国家实际领导人达郎皇子明白，至少对于苏联来说，他们依然有反败为胜的可能。
根据此前的窃听，旭日帝国的出现，是因为苏联领导人使用时间机器、改变历史而产生的，在原本的时间线里，旭日帝国根本不存在。
那么，既然苏联可以改变历史让旭日帝国崛起，他们就完全有可能再次穿越时空，改变历史让旭日帝国消失。
因此，旭日帝国的下一步计划，就是摧毁克里姆林宫，消灭包括查丹科总理、库可夫将军在内的所有苏联高层，摧毁他们的时间机器，彻底征服苏联，缔造帝国真正的天命。
当然，这个光荣的任务，自然而然地落到了玩家这个优秀指（工）挥（具）官（人）的头上，天西贤治也将作为指挥官的副手，帮忙打打酱油。
作为苏联的权力中心，克里姆林宫的防御远不是此前一些苏联的城市防御可以相比的，库可夫将军将精锐苏军都调往了这里，严阵以待等着帝国军队的到来。
苏联都投入这么多人力物力去防守了，达郎皇子当然也不能吝啬，正好之前在苏联作战的将军刽子手还没有撤走，那就加个班，调过来把苏联风光送走。
有了将军刽子手，那这场战役基本就稳了，现在对于指挥官来说，唯一的问题就是将军刽子手的移动速度太慢，指挥官必须先登陆建造前线基地，为将军刽子手铺平道路，之后想办法守住基地，等待将军刽子手的到来。
虽然过程有些艰难，但是在将军刽子手到来之前，指挥官还是抵御住了苏军的进攻。
接下来的战斗，变成了一面倒的屠杀，赶来的将军刽子手如神天降，刀砍苏联舰船，脚踏苏联坦克，莫斯科城内十几座军事基地，不到一个小时就被一个将军刽子手砍得粉碎。
转眼间攻守易型，苏联总理查丹科却依然没有放弃挣扎，他手上还有可以改变未来的时间机器，只要他能运走这个装置，再次将其发动，就能回到过去，试着让故事继续。
当然，这次达郎皇子进攻克林姆林宫的其中一个目标，就是摧毁时间机器，对于查丹科此举也是早有准备，装载时间机器的飞机刚一起飞，就被埋伏在周围的帝国战斗机击坠，时间机器在爆炸中也被炸得粉碎。
至此，苏联一大批高层被消灭，大半精锐部队被葬送，能够改变未来的时间机器也被摧毁，莫斯科与苏联都不复存在，旭日帝国用武力彻底征服了苏联，接下来，就该轮到如今还在苟延残喘的盟军了。
颤抖的最后红花
虽然苏联被征服了，但是他们的首席科学家泽林斯基博士却成功出逃到了盟军阵营。根据情报，泽林斯基博士已经与盟军的军工企业未来科技公司达成合作，似乎是想创造另一台更加完美的时间机器，扭转战局。
如今，距离旭日帝国完成世界的统一只差一步之遥，达郎皇子不可能给予盟军喘息之机，接下来帝国将直接进攻未来科技公司在阿姆斯特丹建立的实验室，这里是盟军先进武器的来源，泽林斯基博士如今也在这里进行时间机器的研究，只要将这座实验室摧毁，那么盟军就在事实上失去了反抗旭日帝国的能力。
这或许是旭日帝国征服世界的最后一战，帝国能够走到今天这一步，达郎皇子功不可没，芳郎天皇也对他的表现非常满意，而在达郎皇子的邀请下，芳郎天皇决定加入这场战斗，一起迎接旭日帝国的胜利。
如今大局已定，盟军的实力大不如前，谅其腐草之荧光，怎么比得上旭日帝国天空之皓月。即使宾汉元帅派出重兵防守阿姆斯特丹，也很难抵挡旭日帝国的进攻，指挥阿姆斯特丹的作战更多是一种荣耀，而这份荣耀，再次落在了战功彪炳的指挥官身上，老沉持重的长间晋三，也将辅佐指挥官拿下这不世功勋。
在达郎皇子的命令下，指挥官带兵前往了阿姆斯特丹，这座城市已经被盟军改造成了一座巨大的军事化要塞，城内遍布盟军基地与军队，指挥官找到了城市一处防守较为薄弱的地方作为登陆点，摧毁该处的盟军基地，建立帝国前线基地，并开始规划下一步的作战计划。
根据侦查，帝国军队的登陆点与未来科技公司的实验室，正好是城市的两端，如果以常规作战方式进行推进，那么就要面对沿途城市里大批的盟军守军，虽然不至于打不过，但是损耗太大。
既然本次作战的终极目标是摧毁未来科技实验室，那么，直接轻军突袭实验室，以最小的成本达成战争目标才是上策。
指挥官随即派出迅雷载具，模仿盟军装甲单位的造型，带着帝国最强步兵单位——百合子克隆体，向未来科技实验室奔袭。
迅雷载具的高科技迷彩，成功瞒骗过了沿途的盟军，直到迅雷载具到达目标点，百合子克隆体开始强拆实验室的时候，盟军才注意到帝国军队已经打到了他们的大后方。
泽林斯基博士对帝国军队的到来非常惊恐，眼看大楼即将被毁，他终于下定决心，使用了这段时间他一直在研究的超级武器——时间机器原型机。
霎时间，阿姆斯特丹城市各处开始发生爆炸，除了被铁幕装置所笼罩的未来科技实验室，无论是盟军还是帝国，双方的基地与士兵，全都在这场无差别爆炸里化为齑粉，昔日繁华的城市成为一堆废墟。
伤敌一千自损三万，相比阿姆斯特丹的少量帝国部队，将大部分军力都投入到城市防御工作的盟军损失更加惨重，多位优秀的盟军指挥官也因此殒命。
但是对于泽林斯基博士来说，这一切都是值得的，帝国指挥官手里的士兵，已经在这场爆炸中全军覆没，只要抵挡住这次帝国的进攻，在帝国下次进攻前研发出时间机器，那么现在的一切损失全都可以挽回，由未来科技公司控制的驻扎在城外的少量后备兵员，也陆续进入城市废墟之中，开始承担实验室的保卫工作。
虽然防守实验室的部队数量不多，但是指挥官手下已无可用之兵。这时，芳郎天皇出面，将自己手下负责安保工作的精锐战士交给了帝国指挥官，让他率领这支部队对未来科技实验室发动最后的进攻。
在泽林斯基博士愤怒地咆哮下，旭日帝国给予了这座摇摇欲坠的实验室最后一击，随着大楼轰然倒塌，包括泽林斯基博士在内的一众盟军科学家无一生还，关于时间机器的相关研究资料也就此消失。
失去了重要的未来科技实验室，盟军彻底失去了抵抗帝国统治的手段和意志，帝国的旗帜飘扬在阿姆斯特丹的上空，战争在事实上已经结束了。
到了战后论功行赏的环节，正在忙里偷闲学习园艺的芳郎天皇，赐予了指挥官“终极将军”的荣誉称号。
坐在一旁的达郎皇子也对指挥官的表现非常满意，还顺带给指挥官放了一个长假，并赐予了指挥官一个美妙的姻缘（此处省略一万八千字）。
第三次世界大战，以阿姆斯特丹一战宣告结束，旭日帝国赢得了战争的胜利，世界再次得到统一（为什么要说“再次”？）
然而，这只是表面上的和平，被征服的苏联与盟军仍有不少地下反抗军，而旭日帝国内部也不像看起来的那么稳固和团结，第三次世界大战结束后不久，属于三方阵营的“起义时刻”即将到来。