海军总司令部位于中山北路号，现为所（即南京船舶雷达研究所）。
海军总司令部所在地原是江南水师学堂。清朝光绪十一年（年），海军衙门成立，以订购舰艇、培养海军专门人才为要务。两江总督兼南洋大臣曾国荃经海军衙门批准，于清朝光绪十六年（年）在南京创立江南水师学堂，设有驾驶、管轮两科。从年至年的前后22年间，先后毕业的驾驶科学生有人，管轮科学生有91人，附设的鱼雷班学生13人。教员大多是英国人。课程设机械、天文、航海等。鲁迅先生曾于清朝光绪二十四年（年）考人管轮科就读。年，中华民国临时政府海军部成立，将江南水师学堂改为海军军官学校；年，改为雷电学校；年，又改为海军鱼雷枪炮学校。
年12月1日，国民政府在行政院军政部之下设立海军署，任命陈绍宽（-年）为署长。海军署下置总务处与军衡、军务、舰械、教育、海政五司，实际共有官佐32人，士兵15人。年4月，国民政府明令将海军署扩充为海军部，6月1日，海军部正式成立，杨树庄任海军部部长兼福建省主席，陈绍宽任政务次长（年1月升任海军部部长）。海军部下置总务厅与军衡、军务、舰政、军学、军械、海政六司，实际共有官佐人，兵役人。设立海军署之初，即已择定海军鱼雷枪炮学校旧址为办公之所，因年久失修，所以稍加修缮。海军部成立之后，人员增多，原有房屋不敷应用，于是又增建房屋，添置设备。据时任海军部政务次长陈绍宽于年11月在《海军期刊》第二卷上发表的《一年来海军工作之实记及训政时期之计划》一文记载，海军部的机构分布情况大致如下：
大门临中山北路，大门以内，第一进左为传达室、电话室，右为招待室、勤务士兵房；第二进左为会客厅，右为副官办公室；第三进为政务次长办公室、卧室、餐厅、浴室、会客室、译电室、勤务兵房；
第四、五两进为部员会食厅（会客用餐之处），东西两边房舍编为东西宿舍各三十号；出东宿舍为常务次长办公室、卧室、宴会厅、会客室、阅报室及党义讲堂，部员士兵诊病室、各厅司长寝室亦在这里；
再前为楼房两座，楼上为部长办公室、浴室、会客室、机要室及参事寝室，楼下为会客厅、会议厅、参事办公室、浴室；部长楼之西为总办公厅、总务厅和秘书办公室，再西为西式平房六所，海军部六司各用一所；
部长楼之后为操场；操场西北隅有楼房两座，为经理处及无线电台；东北角为器具材料存储库。
年11月，海军部机关从南京西迁武汉，原址被汪伪国民政府海军部占用。汪精卫曾一度兼任海军部长。年1月，西迁后的国民政府撤消海军部，改设海军总司令部，陈绍宽任总司令。年1月，海军总司令部迁往重庆。
年12月，国民政府撤消海军总司令部，在军政部之下设立海军处，由陈诚任处长。年6月，国民政府国防部成立后，海、陆、空、联勤四个军种总司令部同时成立，时任参谋总长的陈诚兼任海军总司令。同年9月，桂永清代理总司令一职，年8月被正式任命为海军总司令。
年8月，这里成为华东军区海军学校；年12月，扩建为海军联合学校。年以后，这里成为中国船舶工业总公司舰船研究院南京船舶雷达研究所所在地。
海军总司令部占地面积六千多平方米，建筑面积5平方米，共有房屋72幢间。大门造型独特，颇引人注目。大门坐北朝南，为砖混结构的牌楼形式，建于19世纪末，平面呈圆弧形，圆弧状的立面均匀分布着10根装饰门柱。在牌楼正中顶部设有斜向两侧的层层退台，共有五层，其上装饰有具有动感的曲线旋涡花纹，这在西方建筑史上称作"巴洛克风格"。牌楼正中辟有一个拱形门，门上刻有“海军部”三字。
年，国民政府海军总司令部所在的江南水师学堂旧址被列为江苏省文物保护单位。
民国海军总司令部旧址-南京民国建筑（视频于年10月5日，用小米手机拍摄）